Jan woont tijdens de oorlog samen met zijn vrouw Betje in Geldrop, zij hebben geen kinderen. Jan werkt tijdens de oorlog als gemeentesecretaris in Leerdam. Hij heeft nooit voor de functie van burgemeester gesolliciteerd omdat hij niet voor de Duitsers wil werken. In zijn functie van gemeentesecretaris kan Jan ook veel betekenen voor het verzet. Zo helpt hij samen met Henri van de Put, de burgemeester van Geldrop, de vervalsingsdienst van de Geheime Dienst Nederland.

Familie De Koning
Jan is tijdens de oorlog ook lid van de LO-groep Eindhoven/Geldrop, volgens de Duitsers is Jan zelfs de leider van deze groep. Jan staat via het verzet ook in contact met kapelaan Verhagen en de gebroeders De Koning. De LO-groep Eindhoven/Geldrop zou door een verrader zijn geïnfiltreerd. Jan kent deze verrader en houdt gesprekken met de man over het geloof. Volgens een verzetsman is deze verrader uit humane overwegingen gespaard voor liquidatie. Zeker is dat op 14 mei 1944 bijna de hele verzetsgroep rond de familie De Koning wordt gearresteerd en dat dit toegeschreven wordt aan deze verrader. Het is wel zeer toevallig dat de wapendropping in de nacht van 13 op 14 mei niet is doorgegaan. Misschien is dit een truc van de Duitsers geweest om zoveel mogelijk verzetslieden bij elkaar te krijgen. De LO-groep Eindhoven/Geldrop is verantwoordelijk voor verschillende overvallen, bijvoorbeeld op de distributie kantoren in Geldrop en Mierlo.

Op 9 augustus 1944 wordt Jan door de Duisters te Vught gefusilleerd. Zijn broer Theo heeft daarover later het volgende gedicht geschreven:

geblaf …? commando’s..! bij het doodappel
en achttien maal een nummer!! Wat zijn namen?
de hostie in een vloeitje – kruisje … amen
de arm van Pater Jan, je metgezel …

nachts in de bunker klinkt de zware zang
van cel tot cel: “mijn schild ende betrouwen”
gebroken door het vloeken en het snauwen
van de bewakers in de holle gang …

laarzen en boeien tussen bloesemtippen
langs de Lunetten in de avondrust …
… de schietbaan, waar het al je gaat ontglippen
in die orgie van brute machtswellust
nog eens de naam der liefste op je lippen
als jij voor ’t allerlaatst je trouwring kust …

Bronnen:

• Sterbebuch 1944
• Erelijst van gevallenen 1940-1945
• Oorlogsgravenstichting
• Het Grote Gebod, deel 1, blz. 319
• Hun naam leeft voort, blz. 113/114
• Theo Heurkens